Michael Stubberup arbeitet heute als Vorstand der 1999 gegründeten Rehabilitationsorganisation für Flüchtlinge und Migranten „SYNerGAIA“ und ist gleichzeitig Leiter bei SYNerGaia Innovation. Dort ist er verantwortlich für Entwicklungsaufgaben, Kurse und Ausbildung. 3 Jahre war er darüber hinaus Leiter des Asylzentrums des Dänischen Roten Kreuzes.