Jutta Bauer wurde am 9. Januar 1955 in Hamburg geboren. Von 1975 bis 1981 studierte sie an der Fachhochschule für Gestaltung in Hamburg Illustration. 1980 wurde sie Mitglied in der »Hamburger Illustratorengruppe« und begann erste Bilderbücher zu veröffentlichen.
1984 bezog sie ein Atelier in einer alten Fabriketage und zeichnete frei für Verlage und Zeitschriften, u.a. für BRIGITTE, wo über sieben Jahre hinweg Cartoons und Bildgeschichten von ihr erschienen und sie einem großen Publikum bekannt machten. 1991 begann sie, Trickfilme für das ZDF zu zeichnen.
Ab 1983 veröffentlichte Jutta Bauer auch bei Beltz & Gelberg und eine enge und langjährige Zusammenarbeit mit Mitbegründer und Verlagsleiter Hans-Joachim Gelberg entstand. Im Laufe der Jahre erschienen bei Beltz & Gelberg viele ihrer wichtigsten Bilderbücher wie »Die Königin der Farben«. Für »Schreimutter« erhielt sie 2001 den Deutschen Jugendliteraturpreis. Zusammen mit Kirsten Boie erschuf sie die unverwechselbaren Geschichten rund um das Kindergartenkind Juli (»Ich bin Juli!« Gulliver 2019). Zudem illustrierte sie viele Geschichten für bekannte Kinderbuchgrößen wie Christine Nöstlinger, Peter Härtling und Klaus Kordon.
Für ihr Gesamtwerk wurde sie 2009 mit dem Sonderpreis des Deutschen Jugendliteraturpreises ausgezeichnet und 2010 mit dem Hans-Christian-Andersen-Preis.